Прошло много лет после событий первого фильма.

«9-й Отдел» по-прежнему выполняет свою работу.

Киборгизированный полицейский Бато с партнером Тогусой [Togusa] после таинственного исчезновения "Майора" Мотоко Кусанаги назначаются расследовать серию убийств, совершенных прототипами гиноидов, самоуничтожающимися после этого.

Но перед самоуничтожением один из таких гиноидов попросил Бато о помощи...