Возвращение Загадочника в Готэм оборачивается лишь прелюдией к куда более серьёзной угрозе: его головоломки предвещают кризис, а в город приезжает безжалостный федеральный агент. Брюсу Уэйну приходится плести цепочку обманов и заключать шаткие союзы, среди которых — молодой Джокер, а игрок решает, кому из новых союзников доверять и как далеко Брюс готов зайти во тьму.