Сюжет приходится на последние дни Первой тибериевой войны: три специалиста GDI по тиберию похищены Братством Нод, и коммандос Ник «Хэвок» Паркер отправляется их спасать. Пленников принудили работать над «Проектом Re-Genesis» — попыткой создать генетически усиленных суперсолдат с помощью тиберия.