Ниндзя-мастер вместе с собачьим напарником отправляется на четыре миссии, чтобы обезвредить расставленные по городу бомбы и покончить с террористическим синдикатом. Это первый сиквел Shinobi, выпущенный параллельно с The Revenge of Shinobi; позже для Mega Drive вышла отдельная игра Shadow Dancer: The Secret of Shinobi с другим набором уровней.