Сэм Фишер внедряется в террористическую группировку, оставаясь при этом агентом АНБ: выполняя задания обеих сторон, игрок сам решает, чьи интересы поддержать, а чьи — подорвать. Выбор отражается на сюжете и ведёт к разным финалам, а лишние убийства или промедление грозят провалом легенды. Предусмотрено и совместное прохождение для нескольких игроков.