Инопланетная сущность Фаланга, задумав подчинить Землю, вынуждает Людей Икс снова взяться за дело: отряд мутантов становится последней преградой на её пути. Бои идут в привычном боковом скроллинге, как и в предыдущей части, но выбор героев заметно расширился — сыграть можно не только за Росомаху, Циклопа, Гамбита и Ночного Змея, но и за Магнето.