Игрок управляет ассасином Альтаиром ибн Ла-Ахадом, который действует на Ближнем Востоке XII века, во время Третьего крестового похода. Жизнь этого героя переживает через Анимус его потомок из XXI века Десмонд Майлз — отсюда и нелинейная структура повествования, позволяющая проходить эпизоды в разном порядке.